La manera de alimentación de lo hongos al ser heterótrofos consiste en degradar la materia orgánica a través de la segregación de enzimas para obtener moléculas más sencillas que puedan atravesar la membrana, muchos de ellos son saprobios: organismos que se alimentan de materia orgánica muerta, otros pueden ser parásitos: organismos que se alimentan de sus huéspedes vivos y otros son depredadores: organismos que matan a su huésped para poder alimentarse. También es cierto es que los hongos pueden tener asociaciones con otros organismos en donde ambos sean beneficiados, como es el caso de las micorrizas (asociación hongo-raíz de plantas), insectos, y líquenes (asociación hongo-alga o cianobacteria), se cree que gracias a este tipo de interacciones pero principalmente  los líquenes permitieron que la forma de vida eucariótica haya colonizado el suelo terrestre. Se estima que los fósiles de hongos más antiguos son de la Era Ordovícico, hace aproximadamente 460 y 455 millones de años, aunque estos datos no garantizan que sean realmente los primeros registros fósiles ya que los cuerpos de los hongos son bastante blandos como para poder fosilizarse bien, sin embargo la comparación de secuencias de aminoácidos entre otros organismos eucariotas (plantas y animales) sugiere que aparecieron hace 1,000 millones de años, y que los hongos están más emparentados con los animales que con las plantas, porque tanto animales como los hongos pudieron haber evolucionado de un protista flagelado con el fin de tener un movimiento eficaz en el agua,  al igual que los hongos este protista absorbía los nutrientes a través de enzimas secretadas, ver imagen 3.